El territorio misionero está abrazado por tres ríos importantes: Paraná, Uruguay e Iguazú, natural desagüe de grandes regiones con lluvias abundantes.
El Paraná nace en plena meseta brasileña, Hidrografia de Misiones, su principal afluente es el Iguazú, que, a su vez, tiene sus propios afluentes, como es el caso del San Antonio. El río Uruguay también nace en Brazil y su principal afluente misionero es el Pepirí Guazú.